一只紅色身體的哥斯拉降落在香港，在離開前摧毀了香港島和九龍繁榮的商業(yè)區(qū)。隨后，由于隧道機(jī)械主軸熔化，東京水下團(tuán)隊(duì)道路上不斷發(fā)生事故。原來哥斯拉身上的冷卻系統(tǒng)已經(jīng)被摧毀，導(dǎo)致其體內(nèi)的核快速裂變和激活，并將其變成了一個(gè)行走的核電站。與此同時(shí)，東京水族館發(fā)生了一件神秘的事情——水族館里的魚被神秘地殺死了。經(jīng)過研究，人們發(fā)現(xiàn)它是由生活在2億多年前的一些地質(zhì)生物引起的，如Disya。在沿海分中心，自衛(wèi)隊(duì)派遣冷藏坦克對抗未知生物——迪西亞和哥斯拉。此時(shí)，哥斯拉的體溫終于達(dá)到了1200攝氏度，這可能會引發(fā)核爆炸，導(dǎo)致全人類滅絕